Registrované církve a náboženské společnosti mohou podle zákona o církvích (§ 7 odst. 1 zákona č. 3/2002 Sb.) získat oprávnění k výkonu těchto zvláštních práv: 1) vyučovat náboženství na státních školách,
2) pověřit osoby vykonávající duchovenskou činnost k výkonu duchovenské služby v ozbrojených silách České republiky, v místech, kde se vykonává vazba, trest odnětí svobody, zabezpečovací detence, ochranné léčení a ochranná výchova,
3) konat obřady, při nichž jsou uzavírány církevní sňatky,
4) zřizovat církevní školy,
5) zachovávat povinnost mlčenlivosti duchovními v souvislosti s výkonem zpovědního tajemství nebo s výkonem práva obdobného zpovědnímu tajemství. S nabytím účinnosti zákona o majetkovém vyrovnání s církvemi a náboženskými společnostmi bylo od 1. ledna 2013 zrušeno zvláštní právo na financování podle zvláštního právního předpisu o finančním zabezpečení církví a náboženských společností.
Pro získání oprávnění k výkonu zvláštních práv musí registrovaná církev a náboženská společnost splňovat tyto podmínky: • je registrována nepřetržitě ke dni podání návrhu nejméně 10 let, • zveřejňovala každoročně 10 let před podáním tohoto návrhu výroční zprávy o své činnosti za kalendářní rok, • plní řádně závazky vůči státu a třetím osobám, • je bezúhonná.
Návrh na přiznání oprávnění k výkonu zvláštních práv musí obsahovat:
• v originále podpisy tolika zletilých občanů České republiky nebo cizinců s trvalým pobytem v České republice hlásících se k této církvi a náboženské společnosti, kolik činí nejméně 1 promile obyvatel České republiky podle posledního sčítání lidu, s uvedením jejich osobních údajů, • prohlášení, že její dosavadní činnost jako právnické osoby podle zákona o církvích neodporuje podmínkám stanoveným tímto zákonem a že plní řádně závazky vůči státu a třetím osobám, • texty výročních zpráv o činnosti za kalendářní rok a účetních závěrek za dobu 10 let předcházející podání tohoto návrhu.
Návrh na přiznání oprávnění k výkonu zvláštních práv lze podat buď pro výkon všech zvláštních práv, nebo pouze pro výkon prvních čtyř zvláštních práv, tj. bez zvláštního práva zachovávat povinnost mlčenlivosti duchovními. Žádá-li registrovaná církev a náboženská společnost o přiznání oprávnění k výkonu všech zvláštních práv, musí navíc předložit dokument potvrzující, že povinnost mlčenlivosti duchovních v souvislosti s výkonem zpovědního tajemství nebo v souvislosti s výkonem práva obdobného zpovědnímu tajemství je tradiční součástí učení církve a náboženské společnosti nejméně 50 let.
Přiznání oprávnění k výkonu zvláštních práv je nárokové. Pokud jsou všechny zákonem stanovené předpoklady registrovanou církví a náboženskou společností splněny, ministerstvo musí oprávnění k výkonu zvláštních práv přiznat. Zároveň není možné udělit jakoukoliv výjimku, např. prominout splnění některé zákonem stanovené podmínky.
Církve a náboženské společnosti, které byly registrovány před účinností zákona o církvích ( tj. před 7. 1. 2002) nezískaly zvláštní práva v plném rozsahu, ale podle § 28 odst. 1 zákona o církvích pouze v rozsahu, v jakém je vykonávaly ke dni nabytí účinnosti zákona o církvích. Výčet zvláštních práv těchto církví a náboženských společností byl ověřen jednotlivými resorty, v jejichž působnosti jsou zvláštní práva vykonávána.
Zákon o církvích upravuje v § 21 podmínky, za kterých se oprávnění k výkonu zvláštních práv zruší, a to pokud
• registrovaná církev a náboženská společnost porušuje závažným způsobem nebo opakovaně závazky vůči státu nebo třetím osobám, • na základě podnětu orgánu státní správy podle jeho působnosti dané zvláštním právním předpisem, v němž je doloženo závažné nebo opakované porušování povinností pro působení registrované církve a náboženské společnosti podle zvláštního právního předpisu nebo dohody s tímto orgánem státní správy, • registrovaná církev a náboženská společnost přestala být bezúhonná.
Samotný výkon zvláštních práv není upraven přímo zákonem o církvích, ale předpisy, které jsou v kompetenci těch rezortů, kterých se výkon zvláštních práv týká (např. školský zákon, zákon o výkonu trestu odnětí svobody). Ministerstvo kultury oprávnění k výkonu zvláštních práv pouze přiznává. V případě zvláštních práv jde o jejich výkon zajišťovaný církvemi a náboženskými společnostmi, tedy jde o "kolektivní právo". Toto "kolektivní právo" nevylučuje např. individuální návštěvu duchovního církve nebo náboženské společnosti ve věznici, pokud je to v souladu s příslušnými předpisy a takovou návštěvu povolí příslušné orgány vězeňské služby. Rovněž zřizování škol není omezeno pouze na církve a náboženské společnosti se zvláštními právy, i registrovaná církev a náboženská společnost bez zvláštních práv může jako každá právnická a fyzická osoba založit soukromou školu (soukromé a církevní školy se liší v oblasti financování).
