Příjmy církví a náboženských společností tvoří podle zákona č. 3/2002 Sb. zejména
- příspěvky fyzických a právnických osob,
- příjmy z prodeje a z pronájmu movitého, nemovitého a nehmotného majetku církví a náboženských společností,
- úroky z vkladů,
- dary a dědictví,
- sbírky a příspěvky z části výtěžků podle zvláštního zákona,
- půjčky a úvěry,
- příjmy z podnikání nebo z jiné výdělečné činnosti,
- dotace.
Financování církví a náboženských společností, které měly do roku 2012 zvláštní právo být financovány na základě zákona č. 218/1949 Sb., o hospodářském zabezpečení církví a náboženských společností státem, ve znění pozdějších předpisů
Podle § 1 zákona č. 218/1949 Sb. stát poskytoval těm registrovaným církvím a náboženským společnostem, kterým bylo přiznáno oprávnění k výkonu zvláštního práva podle § 7 odst. 1 písm. c) zákona č. 3/2002 Sb., úhradu osobních požitků duchovních, působících jako zaměstnanci církví a náboženských společností.
Celkový rozsah úhrady na tyto požitky stanovoval státní rozpočet, tj. zákony o státním rozpočtu schvalované pro každý kalendářní rok Poslaneckou sněmovnou Parlamentu ČR. V roce 2012 bylo takto financováno celkem 17 církví a náboženských společností:
- Apoštolská církev
- Bratrská jednota baptistů
- Církev adventistů sedmého dne
- Církev bratrská
- Církev československá husitská
- Církev řeckokatolická
- Církev římskokatolická
- Českobratrská církev evangelická
- Evangelická církev augsburského vyznání v České republice
- Evangelická církev metodistická
- Federace židovských obcí v České republice
- Jednota bratrská
- Luterská evangelická církev a.v. v České republice
- Náboženská společnost českých unitářů
- Pravoslavná církev v českých zemích
- Slezská církev evangelická augsburského vyznání
- Starokatolická církev v ČR
K 1. 1. 2013 vstoupil v účinnost zákon č. 428/2012 Sb., o majetkovém vyrovnání s církvemi a náboženskými společnostmi, kterým byl dosavadní model financování církví a náboženských společností ukončen. Počínaje rokem 2013 je dotčeným církvím a náboženským společnostem, které uzavřely se státem smlouvu o vypořádání, ze státního rozpočtu vyplácena po dobu 30 let finanční náhrada (dle § 15 zákona č. 428/2012 Sb.) a po dobu 17 let (tzv. přechodné období) mají dotčené církve a náboženské společnosti nárok na příspěvek na podporu činnosti (dle § 17 zákona č. 428/2012 Sb.). V prvních třech letech přechodného období je příspěvek vyplácen v plné výši, od čtvrtého roku se jeho výše každoročně snižuje o 5% výchozí částky.
Částky finanční náhrady a příspěvky na podporu činnosti dosud vyplacené jednotlivým církvím a náboženským společnostem počínaje rokem 2013 jsou uvedeny v časové řadě zde
Financování církví a náboženských společností v oblasti školství, charitativní, sociální a zdravotní péče a opravy, obnovy a údržby kulturních památek
Církve a náboženské společnosti včetně jejich evidovaných právnických osob mají shodné možnosti financování jako jiné fyzické a právnické osoby od orgánů spravujících veřejné rozpočty v následujících oblastech:
- v oblasti školství,
- při opravě, obnově a údržbě kulturních památek ve svém vlastnictví mají církve a náboženské společnosti stejné možnosti ucházet se o finanční prostředky z různých programů jako ostatní právnické osoby soukromého nebo veřejného práva, a to nejen z programů odboru památkové péče Ministerstva kultury,
- v oblasti charitativní, sociální a zdravotní péče mají církve a náboženské společnosti stejné možnosti přístupu k finančním prostředkům na činnosti v daných oblastech jako ostatní právnické osoby soukromého nebo veřejného práva, a to nejen z prostředků Ministerstva práce a sociálních věcí a Ministerstva zdravotnictví.
Dotace na kulturní aktivity
Církve a náboženské společnosti mají možnost požádat o grant na své kulturní a náboženské aktivity z programu spravovaného samostatným oddělením církví a náboženských společností ministerstva kultury, o němž je uvedena informace v sekci Dotace.